對我們來說很不幸，但對某些細菌來說很幸運，在不利的環境條件下會形成孢子。在干燥環境中通常是這種情況。細菌孢子被稱為內生孢子，因為它們實際上是在細菌細胞內形成的。內生孢子細菌可以在許多惡劣條件下生存，例如加熱，干燥，輻射和化學藥品。其他生物體形成孢子，但是細菌孢子通常更耐熱并且不易變性。更大的耐熱性隱藏在內生孢子的結構中。參見下圖。
請注意外孢子及其由蛋白質組成的精致薄膜。它的內部是孢子皮，它由一層獨特的蛋白質層組成。下一層稱為皮層，其中包含松散連接的肽聚糖（糖蛋白），其中含有另一個稱為二吡啶甲酸（DPA）的分子。DPA具有與孢子皮層中嵌入的鈣交聯的能力。鈣交聯有助于細菌的耐熱性，從而使硬屏障得以穿透。請注意，細菌位于內生孢子的中心。內生孢子很難殺死細菌。
內毒素是在革蘭氏陰性細胞壁中常見的分子。這些分子旨在保護細菌免受各種威脅。一旦細菌死亡，它就會將這些內毒素釋放到周圍，因為它們的細胞壁已被破壞。這些分子對人類和動物以及其他生物有毒（有毒）。內毒素只有在細菌死亡后才有害。這些有毒分子可引起腹瀉，嘔吐，發燒和炎癥反應。許多內毒素都是脂多糖（LPS）形式，但是還有其他分子類型。可以通過干熱和濕熱殺死內毒素。
外毒素不同于內毒素。外毒素實際上是細菌分泌的。與內毒素細菌不同，當外毒素細菌存活時，其存在會給宿主帶來麻煩。外毒素細菌在溶解時也會釋放內源性外毒素。大多數外毒素可以通過加熱而失活。一種外毒素的例子是肉毒梭菌產生的肉毒桿菌毒素。
熱原是引起發燒的分子。常見的熱原是由細菌產生的，并以內毒素和外毒素的形式出現。請記住，動物也會產生熱原，但這是另一回事。人們會認為滅菌會消除這些細菌毒素，因為細菌已被破壞。不必要。在滅菌過程中，細菌被破壞，但是會釋放出內源性外毒素和內毒素。確保您使用了適當的溫度和時間使細菌不僅滅活，還使它們的毒素失活。在為實驗室購買產品時，需要注意包裝上的說明。某些產品可能被列為無菌，無菌和無熱原或無熱原但不是無菌的。無菌本身并不意味著無熱原。
